במרכז התקף החרדה עומדת האמיגדלה - האזור במוח שאחראי לזהות סכנה ולהפעיל באופן מידי תגובות הישרדות. לעיתים האמיגדלה מפרשת גירוי לא מאיים כסכנה ממשית כל גירוי כמו מחשבה, זיכרון, תחושה פיזית או מצב חברתי שקורה בהווה או בעבר שבו האמיגדלה מרגישה סכנה קיומית היא מפעילה מיד את “מערכת החירום” ומכניסה את הגוף למצב ״סכנה״.